La jeune Amicia et son petit frère, Hugo, se trouvent dans une situation bien difficile. L’Inquisition les pourchasse pour des raisons qu’ils ignorent, et puisqu’ils ne peuvent se mesurer à des chevaliers, ces deux enfants n’ont d’autre choix que de les éviter pour survivre. Mais le danger poursuit Amicia et Hugo partout puisque même lorsqu’ils ne luttent pas contre l’Inquisition, ils sont attaqués par des rats vicieux qui dévorent tout ce qu’ils trouvent. Seule la lumière semble repousser les hordes vicieuses que forment ces petites bêtes assoiffées de sang ; n’hésitez donc pas à utiliser cet outil contre eux.
Amicia et Hugo n’ont pas grandi ensemble, puisque Hugo est tombé malade et a été enfermé pendant la majorité de son enfance. S’ils ne se connaissent pas au début de leur aventure, ils tisseront bientôt un lien puissant, et deviendront bientôt la force de l’autre. La confiance est essentielle lorsqu’on affronte la cruauté dans lequel le monde impardonnable de Plague Tale: Innocence est plongé.