Nous sommes en 2030. Les affaires vont bien dans la ville de recherches isolée de Rokumei. Enfin, c’était vrai jusqu’à ce que des explosions détruisent soudainement le bâtiment de recherches nucléaire appelé LABO. La ville a alors envoyé Sirius, une unité de sauvetage d’élite, gérer la situation. Mais cette dite situation ne fait qu’empirer lorsque le réacteur nucléaire de LABO fond soudainement, prenant au piège Sirius et les survivants de cette catastrophe à l’intérieur. Alors que des radiations mortelles s’échappent de tous les côtés, vous vous rendez compte que vous ne disposez pas de suffisamment de médicaments pour survivre jusqu’à la levée de l’état d’urgence. Alors que le temps passe, les survivants font de plus en plus de découvertes inquiétantes. Dans leur lutte pour leur survie au sein de ce piège mortel de feu et de radiations, ils apprennent que le doute est leur pire ennemi, et la confiance leur meilleure arme.

L’histoire de Root Double inclut deux protagonistes différentes : Watase Kasasagi, le capitaine de l’unité de sauvetage ayant perdu ses souvenirs quelques heures après l’incident, et Natsuhiko Tenkawa, un étudiant qui rassemble des indices les six jours précédent l’incident. La clé de la survie repose entre les mains du joueur grâce au système de sympathie des sens. Contrairement aux romans visuels classiques, Root Double ne propose pas de choix bien définis, mais il utilise plutôt le SSS pour permettre au joueur de manipuler l’histoire en fonction de ses émotions.

Vos émotions sont projetées sur les personnages, notamment sur la confiance que vous leur portez, afin de modeler la progression de l’histoire. Vous devrez ainsi utiliser ce système à bon escient et terminer les deux histoires des protagonistes afin de découvrir la vérité et de, peut-être, vous échapper du bâtiment.